引用本文： 高晔, 李菲, 孙小富, 杜子贤, 张海艳. 宏基因组二代测序协助诊断重症鹦鹉热衣原体肺炎伴急性呼吸窘迫综合征一例. 华西医学, 2022, 37(8): 1273-1277. doi: 10.7507/1002-0179.202206014 复制
病例介绍 患者，女，56 岁，工人（从事新鲜鸭肉抽真空打包工作），既往体健，否认吸烟史。患者因咳嗽、咳痰、呼吸困难、发热 2 周，加重伴喉间痰鸣 1 周于 2021 年 11 月 23 日 16:30 入住绵阳市中医医院呼吸内科（普通病房）。患者 2 周前开始出现咳嗽、咳痰，发热，体温在 38℃左右，有呼吸困难、呼吸急促，伴畏寒、全身乏力，至私人诊所口服药物、镇中心卫生院输液治疗（具体用药不详），症状未见好转。1 周前感呼吸困难较前加重，伴喉间痰鸣，咳嗽、痰多，发热，测体温 39℃。再次至镇中心卫生院就诊，行胸部 X 线片检查示：双肺肺炎，以右肺更甚（图1a）。建议上级医院就诊。故至我院发热门诊就诊，发热门诊测体温为 39.3℃，测氧饱和度 67%。查血常规：白细胞计数 5.95×109/L、中性粒细胞百分比 84.9%、血小板计数 40×109/L。C 反应蛋白 287.93 mg/L。新型冠状病毒核酸检测阴性。为进一步诊治，发热门诊以“发热、肺部感染、呼吸衰竭”收入住院。入院时体格检查：体温 39.6℃，脉率 129 次/min，呼吸频率 30 次/ min，血压 112/64 mm Hg（1 mm Hg=0.133 kPa），脉搏氧饱和度 72%。神志清楚，呼吸急促、困难，呼吸频率快，口唇紫绀，双肺呼吸音粗，喉间、肺部均可闻及明显痰鸣音，心率 129 次/ min，律齐。查血气分析：动脉血氧分压 53 mm Hg、动脉血氧饱和度 84%（吸氧 5 L/min），氧合指数 129 mm Hg。给予心电监护，无创呼吸机辅助通气［双水平正压通气、吸气压力 15 cm H2O（1 cm H2O=0.098 kPa）、呼气压力 5 cm H2O、氧流量 15 L/min］，给予莫西沙星氯化钠注射液 0.4 g、1 次/d、静脉滴注，抽取血培养、退热、补液治疗。患者氧饱和度难以上升，一直波动在 77%～80%左右。故立即于当日 18:30 转至重症监护室（intensive care unit，ICU）。ICU 辅助检查：血常规：白细胞计数 4.51×109/L、中性粒细胞百分比 85.1%、血小板计数 27×109/L，C 反应蛋白 220 mg/L，血沉 101 mm/h，降钙素原 4.42 ng/mL，肝功能：谷丙转氨酶 231 U/L、谷草转氨酶 528 U/L、人血白蛋白 20.7 g/L、乳酸脱氢酶 1 147 U/L，肾功能、血糖、血脂：正常，电解质：血钾 3.23 mmol/L、血钠 134.3 mmol/L、血钙 1.75 mmol/L，B 型利钠肽正常，肌钙蛋白Ⅰ 105 ng/L，心肌酶谱：谷草转氨酶 509 U/L、乳酸脱氢酶 1 126 U/L、磷酸肌酸激酶 5 395 U/L、磷酸肌酸激酶同工酶 84.6 U/L、血清α-羟丁酸脱氢酶 928.4 U/L，凝血：凝血酶原时间 13.5 s、国际标准化比值 1.24、纤维蛋白原 5.41 g/L、D-二聚体 4.44 mg/L、纤维蛋白降解产物 13.4 μg/mL；血气分析：动脉血氧分压 47 mm Hg，血乳酸 0.9 mmol/L；腹部超声、心脏超声：未见异常；尿常规：潜血 3+、红细胞 21/μL、蛋白质 2+；术前八项：无异常；血型 A 型 Rh 阳性。给予心电监护，气管插管、有创机械通气，抗菌药物方案调整（ICU 第 1 天）为：哌拉西林他唑巴坦钠 4.5 g、每 8 小时 1 次、静脉滴注，莫西沙星 0.4 g、1 次/d、静脉滴注，奥司他韦胶囊 75 mg 每 12 小时 1 次、鼻饲。 2021 年 11 月 24 日（ICU 第 2 天）行床旁支气管肺泡灌洗：患者术前停止鼻饲 4 h，检查气囊，维持囊压在 25～30 cm H2O，吸痰管先清除气管导管内分泌物，再清除口鼻腔分泌物。2%盐酸利多卡因 5 mL 局部雾化吸入，同时镇静镇痛，调整呼吸机氧浓度为 100%。穿无菌隔离衣，戴无菌手套，铺无菌治疗巾，取支气管镜，经气管插管内进入右肺中叶，0.9%无菌生理盐水用注射器经支气管镜操作孔分次快速注入，每次注入 20 mL，总共注入 100 mL，负压吸引回收支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid，BALF）约 40 mL（呈血性，见图1b）。BALF 标本外送宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）检测，同时送本院细菌、真菌涂片、抗酸染色，细菌培养、真菌培养+药敏鉴定。同时 2021 年 11 月 24 日复查床旁胸部 X 线片，较 2021 年 11 月 23 日表现加重（图1c），将抗菌药物方案升级（ICU 第 2 天）：美罗培南 1 g、每 8 小时 1 次、静脉滴注，莫西沙星、奥司他韦不变。2021 年 11 月 25 日患者行胸部 CT 示：双肺广泛感染伴大片实变，可见少量胸腔积液、心包积液（图2）。2021 年 11 月 26 日患者 BALF 细菌涂片、真菌涂片、抗酸染色、细菌培养、真菌培养：无阳性结果。血清肺炎支原体和肺炎衣原体抗体、甲型流感病毒和乙型流感病毒抗原筛查、血培养：均为阴性。BALF-mNGS 回示（ICU 第 4 天）：鹦鹉热衣原体。属为革兰阴性菌，属名衣原体属，相对丰度 92.4%，序列数 1 649。种名鹦鹉热衣原体，鉴定置信度 99%，序列数 1 121（图3）。抗菌药物方案调整：停美罗培南、奥司他韦，保留莫西沙星，增加米诺环素胶囊 100 mg、每 12 小时 1 次、鼻饲（首次剂量 200 mg）。期间持续有创机械通气、设立合适的模式、参数、潮气量，给予俯卧位通气、设立合适的呼气末正压、氧浓度，使用激素（甲泼尼龙：2021 年 11 月 24 日开始 40 mg、每 8 小时 1 次、静脉滴注、连续 3 d，2021 年 11 月 27 日 40 mg、1 次/d、静脉滴注、连续 2 d 即停用）、管控液体出入量、利尿剂的使用。同时化痰、痰液引流、营养支持、预防应激性溃疡、输入血小板、血浆、红细胞悬液、补充白蛋白、维持水电解质紊乱、保肝降酶、留置尿管、胃管、锁骨下中心静脉置管、监测中心静脉压、维持血压（去甲肾上腺素）、退热、预防深静脉血栓、支持治疗。1 周后患者体温正常，氧合指数好转，各项指标均逐渐恢复，2021 年 11 月 30 日（ICU 第 8 天）顺利拔管撤机。2021 年 12 月 1 日转入呼吸内科普通病房，同时复查胸部 CT（图4），继续维持莫西沙星抗感染共 10 d，米诺环素胶囊服用共 23 d。住院共 16 d 后患者于 2021 年 12 月 9 日顺利出院，出院后 2021 年 12 月 23 日复查胸部 CT 示双肺广泛渗出、实变灶明显吸收，少量心包积液、胸腔积液完全吸收（图5）。
图1
患者胸部 X 线片和 BALF 彩色像
a. 2021 年 11 月 23 日胸部 X 线片；b. 2021 年 11 月 24 日 BALF 彩色像；c. 2021 年 11 月 24 日床旁胸部 X 线片
图2
患者 2021 年 11 月 25 日胸部 CT 像
a～d. 横断位；e. 冠状位。双肺广泛感染伴大片实变，可见少量胸腔积液、心包积液
图3
患者基因组覆盖度图
图4
患者 2021 年 12 月 1 日复查胸部 CT 像
a～d. 横断位；e. 冠状位。双肺实变较前次片稍有吸收
图5
患者 2021 年 12 月 23 日复查胸部 CT 像
a～d. 横断位；e. 冠状位。双肺广泛渗出、实变灶明显吸收，少量心包积液、胸腔积液完全吸收
讨论 社区获得性肺炎（community-acquired pneumonia，CAP）是指医院外罹患的感染性肺实质炎症[1]。CAP 的病原学诊断和目标性抗感染治疗是每一个临床医生的迫切愿望，尤其是对于重症 CAP 患者，其起病急，进展快，病原体复杂，病死率高，危及患者生病。研究表明，ICU 中重症 CAP 患者病死率为 23%～47%[2-5]。及时、精准、正确的抗感染治疗，是成功救治重症 CAP 的关键。但病原学的正确诊断无论在国内医院，还是国外医院均是难题。由于致病微生物种类繁多，且存在新发、未知、耐药，加之标本送检前经验性抗菌药物的滥用、送检标本污染、个别细菌培养时间长与分离困难，及各级医院微生物实验室的配备不同等，导致病原学诊断更是难上加难。
mNGS 是无偏倚快速检测病原菌核酸序列的新型分子诊断技术，无需培养基增菌，可同时检测多达上万种病原体，无需事先了解预期的病原体，能够检测大量微生物，拥有辨新、海量筛查的优势。而且 mNGS 从取样、核酸提取及建库到测序、生信分析及报告，整个过程仅需 48 h，对于生长缓慢的细菌如诺卡菌、非结核分枝杆菌、结核或者苛氧菌、厌氧菌等均可有效检出。mNGS 名声大噪起于 2014 年报道的 1 例先后使用 38 项感染病原检测项目，且使用 5 种抗菌药物均无效果的不明原因的脑膜炎，后使用 mNGS 明确病原体为钩端螺旋体，改用青霉素治疗，患者即获救[6]。2019 年 12 月以来，影响全世界的新型冠状病毒肺炎亦是使用 mNGS 技术迅速从患者 BALF 中检出新型冠状病毒而确诊[7-8]。钮月英等[9]分析比较 56 例下呼吸道感染的患者，发现肺泡灌洗液 mNGS 检测可显著提高下呼吸道感染患者病原体检出率（69.4% vs. 25%），特别是对病毒、真菌及特殊病原体，且不受性别、年龄、吸烟、临床症状、宿主，及行 mNGS 前住院天数、使用激素、抗菌药物和影像学改变、实验室检查的影响，在下呼吸道感染的诊断及治疗中有很高的临床应用价值。有研究亦研究发现 mNGS 相对于常规检测手段，病原体阳性检出率更高［82.14%（115/140）vs. 35.71%（50/140），P<0.05］，尤其是对于混合性肺部感染是一种很有价值的工具[10]。
本例重症 CAP 患者感染的病原体为鹦鹉热衣原体。鹦鹉热衣原体首次分离发现自鹦鹉，故而得名[11]，临床感染此菌比较少见。本病的诊断虽然可以依据患者病禽类接触史，但其确诊仍然依赖于实验室检查从呼吸道分泌物中分离出致病菌。但鹦鹉热衣原体属于衣原体属中的一种，属于专性细胞内致病原，其普通细菌培养检出率低，必须采用细胞培养技术才能进行体外分离，细胞培养耗时，技术复杂，对实验室生物安全等级要求高，无法常规开展，一般不建议用于临床诊断[12-13]。血清特异性抗体检测对于早期诊断价值低，一般只作为回顾性诊断[12-13]。本例患者常规送检血清肺炎衣原体、支原体特异性抗体，以及痰、血、BALF 涂片加培养均未发现阳性结果。因此，鹦鹉热衣原体肺炎的发病率可能因临床表现非特异性和缺乏确证检测方法而被低估，而 mNGS 的使用增加了诊断为鹦鹉热衣原体肺炎的患者数量，是一种有效诊断鹦鹉热衣原体肺炎的方法[14]。近年来，关于鹦鹉热衣原体肺炎的个案报道[15-17]逐渐增多，其中不乏引起脑膜炎的患者[18-19]，均依赖于 mNG 确诊而痊愈。对于重症鹦鹉热肺炎，9 例患者中的 8 例[20]、13 例患者中的 11 例[21]完全康复，也依赖于 mNGS 诊断鹦鹉热肺炎的准确性，及 48～72 h 内可获得结果，减少诊断延误，即便是重症鹦鹉热肺炎对及时使用适当的抗菌药物也反应良好，且缩短病程[22]。在 CAP 中，mNGS 检出病原菌阳性率中包括细菌（55%）、真菌（18%）、特殊病原体（18%）和病毒（9%），最多的病原体是鹦鹉热衣原体；且研究发现，在病原体阳性病例中，26%的病原菌并未被经验性抗菌药物所覆盖，因此大部分患者需进行了抗菌药物调整[23]。
本例患者入院时临床即判定为重症肺炎、合并呼吸衰竭、急性呼吸窘迫综合征，病情危重，转至 ICU。然而在到达 ICU 的初期，因病原学诊断不明确，病情危重，不得不经验性选择“广覆盖”的抗菌药物方案。因此，在送检传统实验室检测的同时送检了 BALF 的 mNGS 检测，快速（入院第 4 天）的明确了感染病原体为鹦鹉热衣原体，尽早的实现了目标性抗感染治疗，停止“广覆盖”的抗菌药物方案，调整为目标性的莫西沙星联合米诺环素方案，促进抗菌药物的合理使用，实现了感染性疾病的精准治疗，患者临床症状、氧合指数迅速改善，1 周内即成功脱机，成功救治了患者。综上所述，mNGS 可明显提高病原学诊断的阳性率，尤其是对于危急重症肺部感染时，可尽早将 mNGS 与其他检测同时送检，将 mNGS 作为重症肺炎病原体诊断的重要组成和补充，尽早获取病原学诊断，早期实现精准治疗，为挽救患者生命赢得先机。
利益冲突：所有作者声明不存在利益冲突。
病例介绍 患者，女，56 岁，工人（从事新鲜鸭肉抽真空打包工作），既往体健，否认吸烟史。患者因咳嗽、咳痰、呼吸困难、发热 2 周，加重伴喉间痰鸣 1 周于 2021 年 11 月 23 日 16:30 入住绵阳市中医医院呼吸内科（普通病房）。患者 2 周前开始出现咳嗽、咳痰，发热，体温在 38℃左右，有呼吸困难、呼吸急促，伴畏寒、全身乏力，至私人诊所口服药物、镇中心卫生院输液治疗（具体用药不详），症状未见好转。1 周前感呼吸困难较前加重，伴喉间痰鸣，咳嗽、痰多，发热，测体温 39℃。再次至镇中心卫生院就诊，行胸部 X 线片检查示：双肺肺炎，以右肺更甚（图1a）。建议上级医院就诊。故至我院发热门诊就诊，发热门诊测体温为 39.3℃，测氧饱和度 67%。查血常规：白细胞计数 5.95×109/L、中性粒细胞百分比 84.9%、血小板计数 40×109/L。C 反应蛋白 287.93 mg/L。新型冠状病毒核酸检测阴性。为进一步诊治，发热门诊以“发热、肺部感染、呼吸衰竭”收入住院。入院时体格检查：体温 39.6℃，脉率 129 次/min，呼吸频率 30 次/ min，血压 112/64 mm Hg（1 mm Hg=0.133 kPa），脉搏氧饱和度 72%。神志清楚，呼吸急促、困难，呼吸频率快，口唇紫绀，双肺呼吸音粗，喉间、肺部均可闻及明显痰鸣音，心率 129 次/ min，律齐。查血气分析：动脉血氧分压 53 mm Hg、动脉血氧饱和度 84%（吸氧 5 L/min），氧合指数 129 mm Hg。给予心电监护，无创呼吸机辅助通气［双水平正压通气、吸气压力 15 cm H2O（1 cm H2O=0.098 kPa）、呼气压力 5 cm H2O、氧流量 15 L/min］，给予莫西沙星氯化钠注射液 0.4 g、1 次/d、静脉滴注，抽取血培养、退热、补液治疗。患者氧饱和度难以上升，一直波动在 77%～80%左右。故立即于当日 18:30 转至重症监护室（intensive care unit，ICU）。ICU 辅助检查：血常规：白细胞计数 4.51×109/L、中性粒细胞百分比 85.1%、血小板计数 27×109/L，C 反应蛋白 220 mg/L，血沉 101 mm/h，降钙素原 4.42 ng/mL，肝功能：谷丙转氨酶 231 U/L、谷草转氨酶 528 U/L、人血白蛋白 20.7 g/L、乳酸脱氢酶 1 147 U/L，肾功能、血糖、血脂：正常，电解质：血钾 3.23 mmol/L、血钠 134.3 mmol/L、血钙 1.75 mmol/L，B 型利钠肽正常，肌钙蛋白Ⅰ 105 ng/L，心肌酶谱：谷草转氨酶 509 U/L、乳酸脱氢酶 1 126 U/L、磷酸肌酸激酶 5 395 U/L、磷酸肌酸激酶同工酶 84.6 U/L、血清α-羟丁酸脱氢酶 928.4 U/L，凝血：凝血酶原时间 13.5 s、国际标准化比值 1.24、纤维蛋白原 5.41 g/L、D-二聚体 4.44 mg/L、纤维蛋白降解产物 13.4 μg/mL；血气分析：动脉血氧分压 47 mm Hg，血乳酸 0.9 mmol/L；腹部超声、心脏超声：未见异常；尿常规：潜血 3+、红细胞 21/μL、蛋白质 2+；术前八项：无异常；血型 A 型 Rh 阳性。给予心电监护，气管插管、有创机械通气，抗菌药物方案调整（ICU 第 1 天）为：哌拉西林他唑巴坦钠 4.5 g、每 8 小时 1 次、静脉滴注，莫西沙星 0.4 g、1 次/d、静脉滴注，奥司他韦胶囊 75 mg 每 12 小时 1 次、鼻饲。 2021 年 11 月 24 日（ICU 第 2 天）行床旁支气管肺泡灌洗：患者术前停止鼻饲 4 h，检查气囊，维持囊压在 25～30 cm H2O，吸痰管先清除气管导管内分泌物，再清除口鼻腔分泌物。2%盐酸利多卡因 5 mL 局部雾化吸入，同时镇静镇痛，调整呼吸机氧浓度为 100%。穿无菌隔离衣，戴无菌手套，铺无菌治疗巾，取支气管镜，经气管插管内进入右肺中叶，0.9%无菌生理盐水用注射器经支气管镜操作孔分次快速注入，每次注入 20 mL，总共注入 100 mL，负压吸引回收支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid，BALF）约 40 mL（呈血性，见图1b）。BALF 标本外送宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）检测，同时送本院细菌、真菌涂片、抗酸染色，细菌培养、真菌培养+药敏鉴定。同时 2021 年 11 月 24 日复查床旁胸部 X 线片，较 2021 年 11 月 23 日表现加重（图1c），将抗菌药物方案升级（ICU 第 2 天）：美罗培南 1 g、每 8 小时 1 次、静脉滴注，莫西沙星、奥司他韦不变。2021 年 11 月 25 日患者行胸部 CT 示：双肺广泛感染伴大片实变，可见少量胸腔积液、心包积液（图2）。2021 年 11 月 26 日患者 BALF 细菌涂片、真菌涂片、抗酸染色、细菌培养、真菌培养：无阳性结果。血清肺炎支原体和肺炎衣原体抗体、甲型流感病毒和乙型流感病毒抗原筛查、血培养：均为阴性。BALF-mNGS 回示（ICU 第 4 天）：鹦鹉热衣原体。属为革兰阴性菌，属名衣原体属，相对丰度 92.4%，序列数 1 649。种名鹦鹉热衣原体，鉴定置信度 99%，序列数 1 121（图3）。抗菌药物方案调整：停美罗培南、奥司他韦，保留莫西沙星，增加米诺环素胶囊 100 mg、每 12 小时 1 次、鼻饲（首次剂量 200 mg）。期间持续有创机械通气、设立合适的模式、参数、潮气量，给予俯卧位通气、设立合适的呼气末正压、氧浓度，使用激素（甲泼尼龙：2021 年 11 月 24 日开始 40 mg、每 8 小时 1 次、静脉滴注、连续 3 d，2021 年 11 月 27 日 40 mg、1 次/d、静脉滴注、连续 2 d 即停用）、管控液体出入量、利尿剂的使用。同时化痰、痰液引流、营养支持、预防应激性溃疡、输入血小板、血浆、红细胞悬液、补充白蛋白、维持水电解质紊乱、保肝降酶、留置尿管、胃管、锁骨下中心静脉置管、监测中心静脉压、维持血压（去甲肾上腺素）、退热、预防深静脉血栓、支持治疗。1 周后患者体温正常，氧合指数好转，各项指标均逐渐恢复，2021 年 11 月 30 日（ICU 第 8 天）顺利拔管撤机。2021 年 12 月 1 日转入呼吸内科普通病房，同时复查胸部 CT（图4），继续维持莫西沙星抗感染共 10 d，米诺环素胶囊服用共 23 d。住院共 16 d 后患者于 2021 年 12 月 9 日顺利出院，出院后 2021 年 12 月 23 日复查胸部 CT 示双肺广泛渗出、实变灶明显吸收，少量心包积液、胸腔积液完全吸收（图5）。
图1
患者胸部 X 线片和 BALF 彩色像
a. 2021 年 11 月 23 日胸部 X 线片；b. 2021 年 11 月 24 日 BALF 彩色像；c. 2021 年 11 月 24 日床旁胸部 X 线片
图2
患者 2021 年 11 月 25 日胸部 CT 像
a～d. 横断位；e. 冠状位。双肺广泛感染伴大片实变，可见少量胸腔积液、心包积液
图3
患者基因组覆盖度图
图4
患者 2021 年 12 月 1 日复查胸部 CT 像
a～d. 横断位；e. 冠状位。双肺实变较前次片稍有吸收
图5
患者 2021 年 12 月 23 日复查胸部 CT 像
a～d. 横断位；e. 冠状位。双肺广泛渗出、实变灶明显吸收，少量心包积液、胸腔积液完全吸收
讨论 社区获得性肺炎（community-acquired pneumonia，CAP）是指医院外罹患的感染性肺实质炎症[1]。CAP 的病原学诊断和目标性抗感染治疗是每一个临床医生的迫切愿望，尤其是对于重症 CAP 患者，其起病急，进展快，病原体复杂，病死率高，危及患者生病。研究表明，ICU 中重症 CAP 患者病死率为 23%～47%[2-5]。及时、精准、正确的抗感染治疗，是成功救治重症 CAP 的关键。但病原学的正确诊断无论在国内医院，还是国外医院均是难题。由于致病微生物种类繁多，且存在新发、未知、耐药，加之标本送检前经验性抗菌药物的滥用、送检标本污染、个别细菌培养时间长与分离困难，及各级医院微生物实验室的配备不同等，导致病原学诊断更是难上加难。
mNGS 是无偏倚快速检测病原菌核酸序列的新型分子诊断技术，无需培养基增菌，可同时检测多达上万种病原体，无需事先了解预期的病原体，能够检测大量微生物，拥有辨新、海量筛查的优势。而且 mNGS 从取样、核酸提取及建库到测序、生信分析及报告，整个过程仅需 48 h，对于生长缓慢的细菌如诺卡菌、非结核分枝杆菌、结核或者苛氧菌、厌氧菌等均可有效检出。mNGS 名声大噪起于 2014 年报道的 1 例先后使用 38 项感染病原检测项目，且使用 5 种抗菌药物均无效果的不明原因的脑膜炎，后使用 mNGS 明确病原体为钩端螺旋体，改用青霉素治疗，患者即获救[6]。2019 年 12 月以来，影响全世界的新型冠状病毒肺炎亦是使用 mNGS 技术迅速从患者 BALF 中检出新型冠状病毒而确诊[7-8]。钮月英等[9]分析比较 56 例下呼吸道感染的患者，发现肺泡灌洗液 mNGS 检测可显著提高下呼吸道感染患者病原体检出率（69.4% vs. 25%），特别是对病毒、真菌及特殊病原体，且不受性别、年龄、吸烟、临床症状、宿主，及行 mNGS 前住院天数、使用激素、抗菌药物和影像学改变、实验室检查的影响，在下呼吸道感染的诊断及治疗中有很高的临床应用价值。有研究亦研究发现 mNGS 相对于常规检测手段，病原体阳性检出率更高［82.14%（115/140）vs. 35.71%（50/140），P<0.05］，尤其是对于混合性肺部感染是一种很有价值的工具[10]。
本例重症 CAP 患者感染的病原体为鹦鹉热衣原体。鹦鹉热衣原体首次分离发现自鹦鹉，故而得名[11]，临床感染此菌比较少见。本病的诊断虽然可以依据患者病禽类接触史，但其确诊仍然依赖于实验室检查从呼吸道分泌物中分离出致病菌。但鹦鹉热衣原体属于衣原体属中的一种，属于专性细胞内致病原，其普通细菌培养检出率低，必须采用细胞培养技术才能进行体外分离，细胞培养耗时，技术复杂，对实验室生物安全等级要求高，无法常规开展，一般不建议用于临床诊断[12-13]。血清特异性抗体检测对于早期诊断价值低，一般只作为回顾性诊断[12-13]。本例患者常规送检血清肺炎衣原体、支原体特异性抗体，以及痰、血、BALF 涂片加培养均未发现阳性结果。因此，鹦鹉热衣原体肺炎的发病率可能因临床表现非特异性和缺乏确证检测方法而被低估，而 mNGS 的使用增加了诊断为鹦鹉热衣原体肺炎的患者数量，是一种有效诊断鹦鹉热衣原体肺炎的方法[14]。近年来，关于鹦鹉热衣原体肺炎的个案报道[15-17]逐渐增多，其中不乏引起脑膜炎的患者[18-19]，均依赖于 mNG 确诊而痊愈。对于重症鹦鹉热肺炎，9 例患者中的 8 例[20]、13 例患者中的 11 例[21]完全康复，也依赖于 mNGS 诊断鹦鹉热肺炎的准确性，及 48～72 h 内可获得结果，减少诊断延误，即便是重症鹦鹉热肺炎对及时使用适当的抗菌药物也反应良好，且缩短病程[22]。在 CAP 中，mNGS 检出病原菌阳性率中包括细菌（55%）、真菌（18%）、特殊病原体（18%）和病毒（9%），最多的病原体是鹦鹉热衣原体；且研究发现，在病原体阳性病例中，26%的病原菌并未被经验性抗菌药物所覆盖，因此大部分患者需进行了抗菌药物调整[23]。
本例患者入院时临床即判定为重症肺炎、合并呼吸衰竭、急性呼吸窘迫综合征，病情危重，转至 ICU。然而在到达 ICU 的初期，因病原学诊断不明确，病情危重，不得不经验性选择“广覆盖”的抗菌药物方案。因此，在送检传统实验室检测的同时送检了 BALF 的 mNGS 检测，快速（入院第 4 天）的明确了感染病原体为鹦鹉热衣原体，尽早的实现了目标性抗感染治疗，停止“广覆盖”的抗菌药物方案，调整为目标性的莫西沙星联合米诺环素方案，促进抗菌药物的合理使用，实现了感染性疾病的精准治疗，患者临床症状、氧合指数迅速改善，1 周内即成功脱机，成功救治了患者。综上所述，mNGS 可明显提高病原学诊断的阳性率，尤其是对于危急重症肺部感染时，可尽早将 mNGS 与其他检测同时送检，将 mNGS 作为重症肺炎病原体诊断的重要组成和补充，尽早获取病原学诊断，早期实现精准治疗，为挽救患者生命赢得先机。
利益冲突：所有作者声明不存在利益冲突。
